相続した不動産の売却時に税金はどうなる？主な種類や控除制度を解説
相続した不動産を売却する際、「どれくらい税金がかかるのか」「手続きで損をしない方法はあるのか」と、不安や疑問を感じる方は多いのではないでしょうか。不動産の売却にまつわる税金や必要な手続きを正しく理解しておくことで、思わぬ負担や損失を防ぐことが可能になります。この記事では、相続した不動産の売却時にかかる主な税金や、税金を軽減できる特例制度、手続きの流れ、負担を少しでも減らすための実践的なポイントまで詳しくわかりやすく解説します。ぜひ最後までお読みください。
相続した不動産を売却するときにかかる主な税金の種類
相続した不動産を売却する際に負担する主な税金には、印紙税、譲渡所得税・住民税（譲渡所得税等）、登録免許税の三つがあります。
まず、印紙税は売買契約書の作成時に、契約金額に応じた収入印紙を貼って納付します。現在、令和9年3月31日まで軽減措置が適用されており、例えば売買価格5,000万円以下1億円以下の場合、本来6万円のところ3万円になります。また、電子契約なら契約書自体を紙で作成しないため、印紙税が課されません。複数部作成する際には正本1部にのみ貼り、他はコピーとして節税する実務的対応も見られます。
次に、譲渡所得税および住民税は、実際に利益（譲渡所得）が生じた場合に課されます。譲渡所得は「売却金額－（取得費＋譲渡費用＋特別控除）」で計算されます。親が取得した時期からの所有期間を用いて「短期」（5年以下）か「長期」（5年超）かを判断し、税率が大きく異なります。具体的には短期で39.63%、長期で20.315%（所得税・住民税・復興特別所得税含む）です。被相続人の取得日を引き継ぐ点に注意が必要です。
最後に、登録免許税は相続登記（名義変更）に伴って課されます。税額は固定資産税評価額の0.4％です。また、抵当権抹消を行う際には1物件につき1,000円が必要となります。売却後に買主が行う所有権移転登記の登録免許税は、原則買主負担です。
| 税金の種類 | 支払タイミング | 概要 |
|---|---|---|
| 印紙税 | 契約書作成時 | 売買契約書に収入印紙を貼って納付。軽減税率適用中。 |
| 譲渡所得税・住民税 | 確定申告時（翌年） | 譲渡所得に対して課税。所有期間により税率が異なる。 |
| 登録免許税 | 登記手続き時 | 相続登記：固定資産税評価額×0.4％、抵当権抹消1件1,000円。 |
税金を抑えるために活用できる主な特例制度
相続した不動産を売却する際に、税金を軽減できる主な特例には、次の三つがあります。どれも確定申告に必要な要件がありますので、ご注意ください。
| 特例制度名 | 概要 | ポイント |
|---|---|---|
| 空き家特例（被相続人居住用財産の特別控除） | 相続や遺贈により取得した被相続人の居住用家屋や敷地を売ると、譲渡所得から最高3,000万円を控除できる特例 | 要件に「建築年」「耐震基準」「売却期限」「売却代金上限」などがあり、令和９年１２月３１日まで実施されています。相続人が３人以上の場合は控除額が2,000万円に縮小されます。 |
| 取得費加算の特例 | 相続税の一部を譲渡資産の取得費に加算でき、譲渡所得が減り節税につながる制度 | 相続税の申告が必要であり、売却は相続開始の翌日から３年以内（相続税申告期限の翌日から３年以内）に行う必要があります。 |
| 居住用財産の3,000万円控除 | 自分が居住していた家屋やその敷地を売る際、譲渡所得から最高3,000万円を控除できる制度 | 住まなくなってから３年以内の売却が対象となり、取得費加算の特例などとは併用できません。 |
〈空き家特例〉は、被相続人の居住用の家屋・敷地を対象とし、要件を厳格に満たすことで高額な控除が可能です。たとえば、昭和56年5月31日以前の建築で、区分所有登記がないこと、耐震基準を満たすこと、譲渡代金が1億円以下であることなどです（令和6年以降、相続人が3人以上の場合は控除額が2,000万円となります） 。
〈取得費加算の特例〉は、すでに支払った相続税のうち、売却資産に対応する金額を取得費に加算でき、譲渡所得を減額できます。売却は相続税申告期限（相続開始から10か月以内）後すぐから3年以内に行う必要があり、取得費の加算額は相続税額に対して売却資産の評価割合を乗じて算出します。仮に加算額が譲渡所得を超える場合は超過分を上限とします 。
〈居住用財産の3,000万円控除〉は、自ら居住していた家屋やその敷地を売却した場合に適用でき、譲渡所得から最高3,000万円を差し引くことができる制度です。住まなくなってから3年後の12月31日までの売却が条件です。ただし、住宅ローン控除との選択や、取得費加算など他の特例との併用については注意が必要です 。
なお、複数の特例の適用対象となる場合でも、選べる特例は一つに限られることが多いため、お得な制度を見極めて選択することが大切です。専門家と相談のうえ、適切にご利用ください。
相続登記や手続きの流れと税申告の方法
相続した不動産を売却する際には、まず「相続登記（名義変更）」を期限内に行う義務があります。令和６年（２０２４年）４月１日以降、相続により不動産の所有権を取得したと知った日から３年以内に登記を申請しなければなりません。遺産分割協議を経て取得した場合は、その成立日から３年以内が期限です。これらを怠ると過料（１０万円以下）の対象となります。義務化以前の相続も対象で、最長で令和９年（２０２７年）３月３１日まで猶予があります。
次に、売却に至るまでの一般的な手続きの流れは下のとおりです。遺産分割協議→相続登記→売買契約→確定申告の順で進みます。それぞれの段階で必要な準備や期限の確認が重要です。
| ステップ | 主な内容 | 注意点 |
|---|---|---|
| 遺産分割協議 | 相続人全員で不動産の帰属や分割方法を決定 | 未了の場合は「相続人申告登記」が利用可能（義務を代替可能） |
| 相続登記 | 法務局で名義変更を完了させる | 期限内に申請しないと過料対象に（正当な理由があれば免除あり） |
| 売買契約・確定申告 | 不動産を売却し、譲渡所得税・住民税を確定申告 | 取得費加算の特例や居住用財産の特例の適用要件を確認 |
最後に、確定申告での注意点です。譲渡所得は「売却価格－取得費－譲渡費用－特例控除額」で計算されます。相続税額の一部を取得費に加算できる「取得費加算の特例」などが適用できれば、税負担の軽減につながります。また、適用できる控除（例：特例３０００万円控除）や適用期限についても事前に確認が必要です。
売却のタイミングと税負担を軽減する視点
相続した不動産を売却する際、所有期間や特例制度の適用可否を踏まえることが重要です。とりわけ、相続人が被相続人の取得日を引き継ぐ点を理解しておくと、有利な税率（長期譲渡所得）を適用しやすくなります。また、相続開始後おおむね三年以内に売却することで、税負担を大きく抑えられる制度があります。
以下の表に、所有期間と特例の関係を整理しました。
| 視点 | 内容 | 解説 |
|---|---|---|
| 所有期間の確認 | 被相続人の取得日を引き継ぐ | 相続後すぐに売却しても長期譲渡所得の税率が適用されることが多いです（20.315％）。 |
| 三年以内の売却 | 特例の適用可能 | 「居住用財産の特例控除」や「取得費加算の特例」の適用により、税負担を軽減できます（ただし同時利用は不可）。 |
| 売却タイミングと注意点 | 適用期限を意識 | 取得費加算の特例は相続開始後一定期間内（約3年10ヶ月以内）の売却が条件です。期限直前に慌てて売却し、相場より大幅に安くなるリスクもあります。 |
相続した不動産の所有期間は、被相続人の取得から売却時までで判断するため、たとえ相続後間もなく売却しても長期譲渡所得の低い税率（20.315％）が適用されやすいです。短期譲渡所得（39.63％）となるのは、特別な例に限られます。
また、相続開始後おおむね三年以内に売却すれば、「被相続人居住用財産に係る譲渡所得の特別控除（空き家特例など）」や「相続税取得費加算の特例」が活用できます。ただし、両者は併用できず、どちらかを選択する必要があります。
取得費加算の特例を適用する場合は、相続税の申告期限（原則、相続開始翌日から十か月以内）を終えておく必要があります。売却後に申告が間に合わない場合には、後から更正申請による還付を検討する方法もありますが、迅速かつ慎重な対応が求められます。
まとめ
相続した不動産を売却する際には、印紙税や譲渡所得税・住民税、登録免許税など、様々な税金が課されます。適切な特例を活用することで税負担を大きく抑えることができ、特に「空き家特例」や「取得費加算の特例」などは多くの方の負担軽減に役立ちます。売却までの流れや確定申告時のポイントを把握し、所有期間やタイミングを工夫することで、より有利な売却が可能となります。正確な知識を持って手続きを進めることが、大切な財産をより良い形で活用する第一歩です。
